El sistema judicial de Bolivia sufre los efectos de la interferencia política desde hace años. El gobierno interino de Jeanine Áñez (noviembre de 2019 a noviembre de 2020) promovió procesos judiciales en base a cargos infundados contra opositores políticos. Del mismo modo, el gobierno de Luis Arce (noviembre de 2020 a la fecha) apoya acusaciones desproporcionadas de terrorismo y genocidio contra la expresidenta Áñez sin la evidencia necesaria. Además, en febrero de 2021 otorgó una amnistía por delitos vinculados con la crisis política que atravesó el país en 2019, la cual parecía estar diseñada para favorecer a sus simpatizantes. En respuesta a un informe que emitió un grupo de expertos internacionales en agosto, el presidente Arce dejó la amnistía sin efecto y prometió reformar el sistema de justicia.
Los expertos internacionales documentaron graves violaciones a los derechos humanos ocurridas durante el gobierno interino de Áñez, incluyendo dos masacres brutales llevadas a cabo por las fuerzas de seguridad, así como actos de violencia “instigados” por el gobierno de Evo Morales (enero de 2006-noviembre de 2019). El informe expuso las deficiencias de la Fiscalía General del Estado a la hora de realizar investigaciones adecuadas y garantizar la rendición de cuentas por estos crímenes.
Las mujeres y niñas siguen estando expuestas a un alto riesgo de violencia. Persisten los problemas de la sobrepoblación carcelaria y el uso excesivo de la prisión preventiva. Los pueblos indígenas enfrentan obstáculos para ejercer su derecho, reconocido por el derecho internacional, a la consulta previa, libre, e informada respecto a medidas que puedan afectarlos, y se han visto gravemente perjudicados por incendios iniciados por agricultores que se extienden a sus tierras.